Μια συνήθης κριτική που ασκείται στη Συμφωνία των Πρεσπών είναι ότι το πεδίο της έπρεπε να είχε περιοριστεί αποκλειστικά στο θέμα του ονόματος της γείτονας χώρας και να μη θίξει άλλου είδους ζητήματα. Για παράδειγμα, πρόσφατο άρθρο του κ. Απόστολου Δοξιάδη αναφέρει ότι: 

«Τίποτε άλλο δεν χρειαζόταν ως εθνική μας συμφωνία για το Σκοπιανό, από το να συναινέσουμε σε μια erga omnes μεικτή ονομασία, ώστε να μπει η ΠΓΔΜ στο ΝΑΤΟ. Κάθε πρόσθετη αράδα που μπήκε στη συμφωνία, ήταν εθνικά επιζήμια.»

Όμως, η πραγματικότητα είναι πως οι διαχρονικές διαφορές ανάμεσα στις δύο χώρες ξεπερνούν το ονοματολογικό: από την ημέρα ανεξαρτησίας της πΓΔΜ, η γείτονας χώρα συστηματικά έγειρε ζητήματα αλυτρωτισμού, μειονότητας και διεκδικήσεων σε βάρος της Ελλάδας. Αυτό γίνεται εύκολα αντιληπτό διαβάζοντας συγκεκριμένα εδάφια του Συντάγματος της πΓΔΜ, καθώς και βιβλία ιστορίας, μέσα από τα οποία τα παιδιά στην γείτονα χώρα διδάσκονται σήμερα πως είναι απόγονοι του Φιλίππου και του Μεγάλου Αλεξάνδρου.

Χάρη στην Συμφωνία των Πρεσπών, τα εδάφια του συντάγματος με αλυτρωτικό περιεχόμενο έχουν πλέον απαλειφθεί. Το ίδιο ισχύει και με τις αναφορές σε μακεδονική μειονότητα. Τα βιβλία βρίσκονται υπό εξέταση και, εξ όσων γνωρίζω, η ελληνική πλευρά έχει ήδη εγείρει πολλαπλές απαιτήσεις για σημαντικές αλλαγές στο περιεχόμενό τους.

Οι επιτυχίες αυτές ήταν πραγματοποιήσιμες μόνο εφόσον οι διαπραγματεύσεις ανάμεσα στις δύο χώρες έθιγαν ζητήματα πέραν του ονοματολογικού.

Συνεπώς, το υφιστάμενο πεδίο της συμφωνίας ήταν επιτακτικό καθήκον.

Μια δεύτερη προσφιλής κριτική στάση απέναντι στη συμφωνία που επιτεύχθηκε, διατείνεται πως η Ελλάδα κακώς προέβη σε παραχωρήσεις που αφορούν ζητήματα ταυτότητας, καθότι με τον τρόπο αυτό δημιουργείται μια μόνιμη διεκδίκηση για την περιοχή της ελληνικής Μακεδονίας.

Για παράδειγμα, όπως αναφέρεται εύγλωττα στο ίδιο άρθρο του κ. Δοξιάδη:

«Καμία ξένη χώρα, και πάντως εκτός Ευρωπαϊκής Ενωσης, δεν ορίζει για την Ελλάδα το πώς αυτοπροσδιορίζεται, και η Ελλάδα δεν ορίζει το πώς αυτοπροσδιορίζεται η όποια ξένη χώρα, πάντως εκτός Ευρωπαϊκής Ενωσης. Γιατί λοιπόν θα έπρεπε σώνει και καλά να το κάνουμε για την ΠΓΔΜ; Μοιάζει να μην το καταλαβαίνουμε αυτό το απλό πράγμα: είναι τελείως άλλο να κάνει κάτι μια άλλη χώρα με τη θέλησή της και μόνο, και τελείως άλλο να το κάνει με την έγκριση και την υπογραφή μας. Στην πρώτη περίπτωση, είναι υπεύθυνη για την πράξη της. Στη δεύτερη, είμαστε συνεργοί της.»

Πράγματι, η Συμφωνία των Πρεσπών ουσιαστικά αναγνωρίζει κάτι που είχε ήδη παραχωρήσει η παγκόσμια κοινότητα στην πΓΔΜ  εδώ και 27 χρόνια περίπου: ότι μακεδονική ταυτότητα δεν διεκδικούν μόνο οι Έλληνες αλλά και οι Σλαβομακεδόνες. Όμως, ως αποτέλεσμα της παραχώρησης αυτής, η συμφωνία καταφέρνει να οριοθετήσει την ταυτότητά των γειτόνων μας, στο μέτρο τουλάχιστον που αυτή αμφισβητούσε την δική μας ιστορία και μακεδονική ταυτότητα.

Πώς επιτυγχάνεται αυτό; Το Άρθρο 7 της συμφωνίας προβλέπει ότι:

(α) όσον αφορά την Ελλάδα, με τους όρους «Μακεδονία» και «Μακεδόνας», νοούνται όχι μόνο η περιοχή και ο πληθυσμός της βόρειας Ελλάδας, αλλά και ο πολιτισμός, η ιστορία και η κληρονομιά της ελληνικής Μακεδονίας από την αρχαιότητα εώς σήμερα, 

(β) η ιστορία και η πολιτιστική κληρονομιά του λαού της πΓΔΜ είναι διακριτώς διαφορετικές από την αντίστοιχη ιστορία και πολιτιστική κληρονομιά της ελληνικής Μακεδονίας,

(γ) η επίσημη γλώσσα που ομιλείται στην πΓΔΜ δεν έχει καμία σχέση με τον αρχαίο ελληνικό πολιτισμό και την κληρονομιά των Ελλήνων Μακεδόνων. 

Για πρώτη φορά στην ιστορία, κυβέρνηση των Σκοπίων υπογράφει επίσημο έγγραφο με το οποίο αποκόπτεται κάθε υποτιθέμενος δεσμός των Σλαβομακεδόνων (ταυτότητα, γλώσσα, πολιτιστική κληρονομιά) από τους αρχαίους Μακεδόνες. Εξού και ένας από τους βασικούς λόγους που η συμφωνία έχει χαρακτηριστεί «προδοτική» από τον Πρόεδρο Ιβανόφ και την αξιωματική αντιπολίτευση στην πΓΔΜ.

Εάν το πεδίο της Συμφωνίας των Πρεσπών δεν άγγιζε ζητήματα ταυτότητας, οι γείτονές μας θα διατηρούσαν κάθε επίσημο δικαίωμα να ισχυρίζονται πως είναι απόγονοι του Μεγάλου Αλεξάνδρου, ενώ το αλυτρωτικό περιεχόμενο στα βιβλία και το σύνταγμά τους θα παρέμενε ώς είχε μέχρι πρότινως. Το συγκεκριμένο σενάριο όχι μόνο δεν θα επίλυε το πρόβλημα για την Ελλάδα, αντιθέτως θα το διαιώνιζε, και άρα θα το επιβάρυνε. Με άλλα λόγια, θα ήταν εθνικά επιζήμιο.

Το γεγονός ότι η συμφωνία αναγνωρίζει πως οι γείτονές μας διεκδικούν μακεδονική ταυτότητα (διακριτώς διαφορετική από αυτήν της ελληνικής μακεδονίας) δεν σημαίνει ότι με τον τρόπο αυτό νομιμοποιούνται τυχόν επεκτατικές βλέψεις της πΓΔΜ έναντι της Ελλάδας στο μέλλον. Απεναντίας, ο κίνδυνος εδραιώνεται στην προκειμένη περίπτωση όταν ο υπόλοιπος κόσμος αντιλαμβάνεται ότι ο όρος «Μακεδονία» αναφέρεται αποκλειστικά στην πΓΔΜ· όταν αποκτά την εντύπωση ότι ο Μ. Αλέξανδρος ήταν «Μακεδόνας» κι όχι Έλληνας, ενώ παράλληλα διαπιστώνει ότι όλα τα ιστορικά μνημεία του αρχαίου Μακεδονικού βασιλείου βρίσκονται εντός ελληνικής επικράτειας.

Η Συμφωνία των Πρεσπών βελτιώνει σε μεγάλο βαθμό το δυσμενές διεθνές στάτους κβο για την Ελλάδα, όπως αυτό διαμορφώθηκε τα τελευταία 27 χρόνια.

Το κλασικό ερώτημα «ο Μέγας Αλέξανδρος ήταν Μακεδόνας ή Έλληνας» αντικαθίσταται από το ερώτημα «ο Μέγας Αλέξανδρος ήταν από την Βόρεια Μακεδονία ή την ελληνική;» Εκεί ακριβώς τελειώνει η συζήτηση.

Μη κύρωση της Συμφωνία των Πρεσπών από την ελληνική βουλή –με δικαιολογία ότι η σύναψη μιας ευνοϊκότερης συμφωνίας στο μέλλον αποτελεί εφικτό στόχο– σημαίνει ότι το σημερινό δυσμενές στάτους κβο γίνεται και πάλι πραγματικότητα για την Ελλάδα: η γειτονική χώρα θα παραμείνει αναγνωρισμένη ως «Δημοκρατία της Μακεδονίας» από μια συντριπτική πλειοψηφία των χωρών του ΟΗΕ. Το διαβατήριο τους θα εξακολουθεί να αναγράφει «Μακεδόνας» σκέτο, ενώ η γλώσσα τους θα εξακολουθήσει να είναι αναγνωρισμένη ως «μακεδονική» χωρίς όμως την επίσημη βεβαίωση του κράτους της πΓΔΜ ότι δεν έχει καμία σχέση με τον αρχαίο ελληνικό πολιτισμό και τους αρχαίους Μακεδόνες.